Starania o utworzenie parafii w Rostkowie rozpoczął w 1479r. Jan Kostka z Rostkowa, stolnik ciechanowski, jednak dopiero za zgodą bpa Piotra z Chodkowa wystawiono w 1488 r. drewniana kaplicę. Następną kapilcę zbudowano prawdopodobnie w 1621 r. po zwycięstwie chocimskim na miejscu dawnego dworu Kostków. Kolejny drewniany kościół po 1717 r. wzniósł Józef Zieliński. W latach 1726-1774 Rostkowo znalazło się w posiadaniu jezuitów z Pułtuska. W 1742 r. Paweł Szczuka, prepozyt pułtuski i chełmski, rozpoczał budowę drewnianej kaplicy. Po kasacie zakonu jezuitów kościół przeszedł pod zarząd parafii w Przasnyszu. W 1820 r. uległ znacznemu zniszczeniu i nie użytkowany ostatecznie został rozebrany w 1885r.
     Obecny kościół zbudowany został w latach 1895 - 1900 z inicjatywy i częściowo kosztem Agnieszki Helwich, ofiar ludności Królestwa Kongresowego oraz staraniem wikariuszy parafii Przasnysz: ks. Leona Gościckiego i ks. Józefa Michnikowskiego. Obiekt zaprojektował architekt Adolf Schimmelpfennig, a wykonał go Antoni Wójcicki, budowniczy powiatu przasnyskiego. Jest to obiekt murowany, neogotycki, na planie prostokąta z charakterystyczną wieżą od strony zachodniej. Wewnątrz, w neogotyckim ołtarzu, znajduje się rzeźba św. Stanisława Kostki odbierającego z rąk Matki Bożej Dzieciątko Jezus. W 1926r. do kościoła zostały sprowadzone z Rzymu relikwie św. Stanisława Kostki. Parafia zostala erygowana 20 sierpnia 1967 r. przez bpa Bogdana Sikorskiego, podczas uroczystości zwiazanych z 400-leciem śmierci św. Stanisława Kostki. Świątynia rostkowska była wielokrotnie remontowana za ks. Tadeusza Fijałkowskiego. On też wybudował murowaną plebanię, dom parafialny, ołtarz polowy. Za urzędowania ks. Stanisława Mariańskiego wykonana została polichromia w kościele oraz złocenia. 12 maja 2000 r. kościół w Rostkowie został ustanowiony sanktuarium diecezjalnym Św. Stanisława Kostki.